Руководство берджи по систематике бактерий

From Wikipedia, the free encyclopedia

Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology is the main resource for determining the identity of prokaryotic organisms, emphasizing bacterial species, using every characterizing aspect.

The manual was published subsequent to the Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, though the latter is still published as a guide for identifying unknown bacteria.^[1] First published in 1923 by David Hendricks Bergey, it is used to classify bacteria based on their structural and functional attributes by arranging them into specific familial orders. However, this process has become more empirical in recent years.^[2]

The Taxonomic Outline of Bacteria and Archaea is a derived publication indexing taxon names from version two of the manual.^[3] It used to be available for free from the Bergey’s manual trust website until September 2018.^[4] Michigan State University provides an alternative version that indexes NamesforLife records.^[5]

The five-volume BMSB is officially replaced by Bergey’s Manual of Systematic of Archaea and Bacteria (BMSAB), a continuously-updated online book, since 2015.^[6]

Organization[edit]

The change in volume set to «Systematic Bacteriology» came in a new contract in 1980, whereupon the new style included «relationships between organisms» and had «expanded scope» overall. This new style was picked up for a four-volume set^[7] that first began publishing in 1984. The information in the volumes was separated as:

Volume 1 included information on all types of Gram-negative bacteria that were considered to have «medical and industrial importance.» Volume 2 included information on all types of Gram-positive bacteria. Volume 3 deals with all of the remaining, slightly different Gram-negative bacteria, along with the Archaea. Volume 4 has information on filamentous actinomycetes and other, similar bacteria.^[8]

The current volumes differ drastically from previous volumes in that many higher taxa are not defined in terms of phenotype, but solely on 16S phylogeny, as is the case of the classes within Proteobacteria.^[9]

The current grouping is:

• Volume 1 (2001): The Archaea and the deeply branching and phototrophic Bacteria^[10]
• Volume 2 (2005): The Proteobacteria—divided into three books:
  • 2A: Introductory essays^[9]
  • 2B: The Gammaproteobacteria^[11]
  • 2C: Other classes of Proteobacteria^[12]
• Volume 3 (2009): The Firmicutes^[13]
• Volume 4 (2011): The Bacteroidetes, Spirochaetes, Tenericutes (Mollicutes), Acidobacteria, Fibrobacteres, Fusobacteria, Dictyoglomi, Gemmatimonadetes, Lentisphaerae, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Planctomycetes^[14]
• Volume 5 (in two parts) (2012): The Actinobacteria^[15]

Bergey’s Manual Trust[edit]

Bergey’s Manual Trust was established in 1936 to sustain the publication of Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology and supplementary reference works. The Trust also recognizes individuals who have made outstanding contributions to bacterial taxonomy by presentation of the Bergey Award and Bergey Medal, jointly supported by funds from the Trust and from Springer, the publishers of the Manual.

Bergey’s Manual Trust and John Wiley & Sons, Inc. co-publish the online encyclopedia Bergey’s Manual of Systematics of Archaea and Bacteria (BMSAB). On 2019, the Trust decided to include phylogenomic in the BMSAB using the classification provided by the Genome Taxonomy Database (GTDB).^[16]

Critical reception[edit]

The Annals of Internal Medicine described the volumes as «clearly written, precise, and easy to read» and «particularly designed for those interested in taxonomy.»^[17]

Editions[edit]

Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology[edit]

• Bergey, D.H., Harrison, F.C., Breed, R.S., Hammer, B.W. & Huntoon, F.M. (eds., 1923). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 1st ed., The Williams & Wilkins Co, Baltimore, 442 p.
• Bergey, D.H., Harrison, F.C., Breed, R.S., Hammer, B.W. & Huntoon, F.M. (eds., 1925). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 2nd ed., The Williams & Wilkins Co, Baltimore, 462 p.
• Bergey, D.H., Harrison, F.C., Breed, R.S., Hammer, B.W. & Huntoon, F.M. (eds., 1930). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 3rd., The Williams and Wilkins Co., Baltimore, 589 p.
• Bergey, D.H., Breed, R.S., Hammer, B.W., Huntoon, F.M., Murray, E.G.D. & Harrison, F.C. (eds., 1934). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 4th ed., The Williams & Wilkins Co, Baltimore.
• Bergey, D.H., Breed, R.S., Murray, E.G.D. & Hitchens, A.P. (eds., 1939). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 5th ed., The Williams and Wilkins Co., Baltimore.
• Breed, R.S., Murray, E.G.D. & Hitchens, A.P. (eds., 1948). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 6th ed., The Williams and Wilkins Co., Baltimore, [1].
• Breed, R.S., Murray, E.G.D. & Smith, N.R. (eds., 1957). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 7th ed., The Williams and Wilkins Co., Baltimore, [2].
• Buchanan, R.E. & Gibbons, N.R. (eds., 1974). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 8th ed., Williams & Wilkins. Baltimore.
• Holt, John G. (eds., 1994). Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 9th ed., Williams & Wilkins. Baltimore. ISBN 978-0683006032.

Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 1st ed.[edit]

• Krieg, N.R. & Holt, J.G. (eds., 1984). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 1st ed., vol. 1, Williams and Wilkins, Baltimore.
• Sneath, P.H.A., Mair, N.S., Sharpe, M.E. & Holt, J.G. (eds., 1986). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 1st ed., vol. 2, Williams & Wilkins, Baltimore.
• Staley, J.T., Bryant, M.P., Pfennig, N. & Holt, J.G. (eds., 1989). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 1st ed., vol. 3, Williams and Wilkins, Baltimore.
• Williams, S.T., Sharpe, M.E. & Holt, J.G. (eds., 1989). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 1st ed., vol. 4, Williams and Wilkins, Baltimore.

Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed.[edit]

• Garrity, G.M., Boone, D.R. & Castenholz, R.W. (eds., 2001). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 1, Springer-Verlag, New York, NY
• Brenner, D.J., Krieg, N.R., Staley, J.T. & Garrity, G.M. (eds., 2005). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 2, parts A, B and C, Springer-Verlag, New York, NY.
• Vos, P., Garrity, G., Jones, D., Krieg, N.R., Ludwig, W., Rainey, F.A., Schleifer, K.-H. & Whitman, W.B. (eds., 2009). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 3, Springer-Verlag, New York, NY.
• Krieg, N.R., Ludwig, W., Whitman, W.B., Hedlund, B.P., Paster, B.J., Staley, J.T., Ward, N. & Brown, D. (eds., 2010). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 4, Springer-Verlag, New York, NY.
• Whitman, W.B., Goodfellow, M., Kämpfer, P., Busse, H.-J., Trujillo, M.E., Ludwig, W. & Suzuki, K.-i. (eds., 2012). Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology, 2nd ed., vol. 5, parts A and B, Springer-Verlag, New York, NY.

Other[edit]

• Buchanan, R.E., Holt, J.G. & Lessel Jr, E.F. (1966). Index Bergeyana: An Annotated Alphabetic Listing of Names of the Taxa of the Bacteria. The Williams and Wilkins Co., Baltimore, Md.
• Holt, J.G. (ed., 1977). The Shorter Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology, 8th ed., The Williams and Wilkins Co., Baltimore, Md.
• Gibbons, N.E., Pattee, K.B. & Holt, J.G. (eds., 1981). Supplement to Index Bergeyana. The Williams and Wilkins Co., Baltimore, Md.
• Whitman, W. B.; DeVos, P.; Dedysh, S.; Hedlund, B.; Kämpfer, P.; Rainey, F.; Trujillo, M. E.; Bowman, J. P.; Brown, D. R.; Glöckner, F. O.; Oren, A.; Paster, B. J.; Wade, W.; Ward, N.; Busse, H-J.; Reysenbach, A-L., eds. (2015). Bergey’s manual of systematics of archaea and bacteria. Hoboken, New Jersey: John Wiley & Sons. ISBN 9781118960608.

References[edit]

External links[edit]

• Bergey’s Manual Trust Home Page
• Bergey’s Manual Identification Flow Charts
• Book Information

Принципы систематизации бактерий в определителе Берджи

Определитель
Берджи систематизирует все известные
бактерии по нашедшим в практической
бактериологии наибольшее распространение
принципам идентификации бактерий,
основанным на различиях в строении
клеточной стенки отношении к окраске
по Граму. Определитель
выделяет четыре основных категории
бактерий – Graeillicutes
[от лат.
gracilis,
изящный, тонкий,
+ cutis,
кожа] – виды
с тонкой клеточной стенкой, окрашивающиеся
грамотрицательно; Firmicutes
[от лат.
firmus,
крепкий, +
cutis,
кожа] – бактерии
с толстой клеточной стенкой, окрашивающиеся
грамположительно; Tenericutes
[от лат.
tener,
нежный, + cutis,
кожа] -бактерии,
лишенные клеточной стенки (микоплазмы
и прочие представители класса Mollicutes)
и Mendosicutes
[от лат.
mendosus,
неправильный,
+ cutis,
кожа] –
архебактерии (метан- и сульфатредуцирующие,
галофильные, термофильные и архебактерии,
лишенные клеточной стенки). Описание
бактерий дается по группам (секциям), в
состав которых включены семейства, роды
и виды; в некоторых случаях в состав
групп входят классы и порядки. Патогенные
для человека бактерии входят в небольшое
число групп.

Группа
1. Спирохеты.
Включает свободноживущие и паразитические
виды; для человека патогенны представители
родов Treponema,
Borrelia
и
Leptospira.

Группа 2.
Аэробные и микроаэрофильные подвижные
извитые и изогнутые грамотрицательные
бактерии. Патогенные для человека виды
входят в роды Campylobacter,
Htlicobacter
и Spirillum.

Группа 3.
Неподвижные (редко подвижные)
грамотрицательные бактерии. Не содержат
патогенные виды.

Группа
4.
Грамотрицательные аэробные и
микроаэрофильные палочки и кокки.
Патогенные
для человека виды включены в состав
семейств Legionellaceae,
Neisseriaceae
и Pseudomonadaceae;
в группу входят
также патогенные и условно-патогенные
бактерии родов Acinetobacter,
Afipia,
Alcaligenes,
Bordetella,
Brucella,
Flavobacterium,
Francisella,
Kingella,
и
Moraxella.

Группа 5.
Факультативно анаэробные грамотрицательные
палочки. Группа образована тремя
семействами — Enterobacteriaceae,
Vibrionaceae
и Pasteurellaceae,
каждое из
которых включает патогенные виды, а
также патогенные и условно-патогенные
бактерии родов Calymmobacterium,
Cardiobacterium,
Eikenella,
Gardnerella
и Streptobacillus.

Группа 6.
Грамотрицательные анаэробные прямые,
изогнутые и спиральные бактерии.
Патогенные и условно-патогенные виды
входят в состав родов Bacteroides,
Fusobacterium,
Porphyromonas
и Prevotella.

Группа 7.
Бактерии, осуществляющие диссимиляционное
восстановление сульфата или серы. Не
включает патогенные виды.

Группа 8.
Анаэробные грамотрицательные кокки.
Включает условно-патогенные бактерии
рода Veilonella.

Группа 9.
Риккетсии и хламидии. Три семейства
Rickettsiaceae,
Bartonellaceae
и Chlamydiaceae,
каждое
из которых содержит патогенные для
человека виды.

Группы 10 и
11 включают
анокси- и оксигенные фототрофные
бактерии, не патогенные для человека.

Группа 12.
Аэробные хемолитотрофные бактерии и
родственные организмы. Объединяет
серо-, железо- и марганецокисляющие и
нитрифицирующие бактерии, не вызывающие
поражения у человека.

Группы 13 и
14 включают
почкующиеся и/или обладающие выростами
бактерии
и бактерии, образующие футляры.
Представлены свободноживущими видами,
не патогенными для человека.

Группы 15 и
16 объединяют
скользящие бактерии, не образующие
плодовые тела
и образующие их. Группы не включают виды
патогенные для человека.

Группа 17.
Грамположительные кокки. Включает
условно-патогенные виды родов
Enterococcus
Leuconostoc,
Peptococcus,
Peptostreptococcus,
Sarcina,
Staphylococcus,
Stomatococcus
и Streprococcus.

Группа
18.
Спорообразующие грамположительные
палочки и кокки. Включает патогенные и
условно-патогенные палочки родов
Clostridium
и
Bacillus.

Группа 19.
Споронеобразующие грамположительные
палочки правильной формы.
Включает условно-патогенные виды родов
Erysipelothrix
и
Listeria.

Группа 20.
Споронеобразующие грамположительные
палочки неправильной формы. В состав
группы входят патогенные и условно-патогенные
виды родов Actinomyces,
Corynebacterium,
Gardnerella,
Mobiluncus
и др.

Группа 21.
Микобактерии. Включает единственный
род Mycobacterium,
объединяющий
патогенные и условно-патогенные виды.

Группы 22-29.
Актиномицеты. Среди многочисленных
видов лишь нокардиоформные
актиномицеты (группа
22) родов
Gordona,
Nocardia,
Rhodococcus,
Tsukamurella,
Jonesia,
Oerskovia
и Terrabacter
способны
вызывать поражение
у человека.

Группа З0.
Микоплазмы.
Патогенны для человека виды, включенные
в состав родов
Acholeplasma,
Mycoplasma
и
Ureaplasma.

Остальные
группы – метаногенные бактерии (31),
сульфатредуцирующие бактерии
(32),
экстремально галофильные аэробные
архебактерии (33),
архебактерии, лишенные клеточной стенки
(34),
экстремальные термофилы и гипертермофилы,
метаболизирующие серу (35)
— не содержат патогенные для человека
виды.

ЛЕКЦИЯ №3

Морфология,
строение и развитие микроорганизмов.

Форма бактерий

Бактерии, как
правило, одноклеточные. Размножаются
делением пополам. Имеют простую форму
– шар или цилиндр, иногда изогнутый.

Бактерии шаровидной
формы называются кокками (от лат. coccus
– зерно) – могут быть сферическими,
эллипсовидными, бобовидными.

Разновидности
кокков:

• монококки – если
  после деления клетки расходятся;

• диплококки;

• тетракокки;

• стафилококки –
  скопления, напоминающие

• виноградную
  гроздь;

• стрептококки –
  в виде цепочки;

• сарцины – кубическая
  форма.

Большинство
бактерий имеет форму палочки (цилиндра).
Раньше все палочки называли бациллами.
После 1875 г. Кон открыл споры, и бациллами
стали называть бактерии, образующие
споры.

Спириллы – извитые
или спиралевидные бактерии, 3 – 4 завитка.

Спирохеты – извитые
формы, 25
– 200
завитков.

Вибрионы (vibrio
– изгибаюсь) – в виде запятой.

Размеры бактерий:
кокки – 0,5–1,5мкм

палочки
– 0,5-1мкм, 1=2–10мкм.

К
окки:
Монококки – р. Micrococcus

д
иплококки
– Neisseria gonorea

тетракокки

стрептококки –
р. Streptococcus

Характер края
колонии,

1.
ровный

2. волнистый

3. зубчатый

4. бахромчатый

Расположение
спор:

1. 
   ц
   ентральное

1. 

   с
   
   убтерминальное

2. 
   терминальное

(барабанная
палочка)

Химический
состав и функции компонентов прокариотной
клетки

1. клеточная стенка;

2. ЦПМ;

3. Нуклеоид;

4. Цитоплазма;

5. Рибосомы;

6. Мезосома;

1. Трубчатые
   тилакоиды;

2. Хромотофоры;

3. Хлоросомы;

10. Аэросомы.

Состав клетки
(от сухого):

С — 50% Са — 0,5%

О₂
— 20% Mg
— 0,5%

N — 14% Fe
— 0,2%

Н — 8% ДНК — 4%

Р — 3% Белки — 50%

S —
1% РНК — 10-20%

К — 1% Липиды — 10%

Клеточная стенка

Поверхностные
структуры:

1. капсула; 4) жгутики;

2. клеточная стенка; 5)
   ворсинки.

3. слизистый чехол;

Функции клеточной
стенки. Клеточная стенка составляет
5-50%
сухих веществ клетки. Характерна для
всех микроорганизмом, кроме микоплазм
и Z
форм.

Функции:

1. Механический
   барьер между протопластом и внешней
   средой;

2. Придает клетке
   определенную форму;

3. защищает клетку
   от избытка воды (осмотическое равновесие);

4. по строению очень
   отличаются у разных видов – важный
   диагностический признак: в зависимости
   от строения клеточной стенки прокариоты
   делят на две большие группы –
   грамположительные и грамотрицательные.

Грамположительные
бактерии

1. – нуклеоид в
виде кольцевой ДНК

2. – ЦПМ

3. – клеточная
стенка из пептидогликана Пептидогликан
составляет 80-90% сухого вещества клеточной
стенки. Это сложный двухцепочечный
полимер, который состоит из
N-ацетилглюкозоамина
и N-ацетилмурамовой
кислоты. Они связаны в-1,4-гликозидными
связями. В состав клеточной стенки
входят тейхоевые кислоты — полимер на
основе рибита (5-атомного спирта) и
глицерина. Остатки спиртов соединены
фосфодиэфирными связями, а гидроксильные
группы замещены D-аланином.
Также в состав мембраны входят
полисахариды (2%), белки, липиды.

Грамотрицательные
бактерии

1. – нуклеоид

2. – внутренняя
мембрана

3. – периплазматическое
пространство

4.– наружная
мембрана.

В состав практически
не входит пептидогликан (внутренняя
мембрана – 3-5%). Нет и тейхоевых кислот.
Входят белки, липиды, полисахариды.
Периплазматическое пространство играет
роль резервуара гидролитических
ферментов, которые расщепляют
макромолекулы, поступающие в клетку,
на более мелкие фрагменты и таким образом
облегчают транспорт этих веществ внутрь
клетки.

При окраске по
Граму грамположительные бактерии
окрашиваются в синий или фиолетовый
цвет, а грамотрицательные — красный
или розовый.

• Большинство кокков
  грамположительные;

• p.
  Pseudomonas
  –
  грамотрицательные палочки;

• p.
  Bacillus,
  p. Clostridium
  –
  грамположительные;

• миксобактерии,
  флексобактерии (скользящие) –
  грамотрицательные, клеточная стенка
  очень тонкая, отсутствуют сшивки в
  пептидогликановом слое;

• метанобразующие,
  галофилы, ацедофильно-термофильные
  бактерии – грамположительные, стенка
  толстая 500нм, клеточная стенка только
  из белка или полисахарида;

— микоплазмы –
паразиты – клеточной стенки нет.

Клеточную стенку
бактерии могут терять под действием
антибиотиков или лизоцима, такие клетки
называются L-формы.

На внешней стороне
клеточной стенки есть:

1. специфические
   рецепторы для фагов;

2. антигены (тейхоевые
   кислоты у грамположительных, полисахарид
   у грамотрицательных);

3. макромолекулы,
   обеспечивающие межклеточное взаимодействие
   при конъюгации.

Капсулы

Капсула – слизистое
образование, обволакивающее клетку,
связанное с клеточной стенкой и имеющее
аморфное строение (> 0,2мкм – макрокапсула,
<0,2 – микрокапсула).

Препарат просматривают
в капле туши, которая не может проникнуть
в капсулу.

В состав капсулы
входят в основном полисахариды, у
Bacillus
– полипептид.

Функции:

1. защита от
механических повреждений;

1. резерв запасных
   веществ;

1. защита от действия
   антибиотиков, фагов. Если слизистое
   вещество легко отделяется от клеточной
   стенки, то говорят о слизистых слоях.

Чехлы

Имеют тонкую
структуру. Часто состоят из нескольких
слоев с разным строением. Состав: сахара
– 36%, белки – 27%, липиды – 5%, фосфор –
0,5%.

Функции:

1. защита от
механических повреждений;

1. защита от высыхания;

2. осмотический
   барьер;

3. барьер от фагов;

4. источник запасных
   веществ.

Фимбрии и пили

Фимбрии – длинные,
тонкие, прямые нити. Они тоньше и короче
жгутиков, но более многочисленны.
Размеры: 0,3–4мкм, число – 100–200.

В зависимости от
функции различают два типа:

I
тип помогают клетке прилипать к другим
клеткам или субстрату; — II
тип – половые – пили с каналом внутри
для прохода ДНК во время конъюгации.

цпм

Состав –
белково-липидный комплекс:

1. белки – 50–75%;

1. липиды – 5–45%
   (фосфолипиды) – производные глицерина;

1. углеводы – сахара.

Функции:

1. Роль осмотического
барьера;

1. транспорт веществ
   в клетку;

2. синтез, азотфиксация,
   хемосинтез. Нередко есть внутриплазматические
   впячивания – мезосомы – выполняют
   функцию митохондрий;

1. мембрана – один
   из компонентов аппарата генерирования
   электрических потенциалов,

2. в мембране
   расположены ферментные комплексы.

Пассивный транспорт
– диффузия. Облегченная диффузия – с
участием транслоказ. Активный транспорт
– с затратой энергии. Сопряжен с
реакциями, в результате которых бурно
выделяется энергия.

Соседние файлы в предмете [НЕСОРТИРОВАННОЕ]

• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #
• #

Обновлено: 24.04.2023

Систематика-распределение микроорганизмов в соответствии с их происхождением и биологическим сходством. Систематика занимается всесторонним описанием видов организмов, выяснением степени родственных отношений между ними и объединением их в различные по уровню родства классификационные единицы- таксоны. Основные вопросы, решаемые при систематике (три аспекта, три кита систематики)- классификация, идентификация и номенклатура.

Классификация-распределение (объединение) организмов в соответствии с их общими свойствами (сходными генотипическими и фентипическими признаками) по различным таксонам.

Таксономия-наука о методах и принципах распределения (классификации) организмов в соответствии с их иерархией. Наиболее часто используют следующие таксономические единицы (таксоны)- штамм, вид, род. Последующие более крупные таксоны- семейство, порядок, класс.

В современном представлении вид в микробиологии— совокупность микроорганизмов, имеющих общее эволюционное происхождение, близкий генотип (высокую степень генетической гомологии, как правило более 60%) и максимально близкие фенотипические характеристики.

Нумерическая (численная) таксономия основывается на использовании максимального количества сопоставляемых признаков и математическом учете степени соответствия. Больщое число сравниваемых фенотипических признаков и принцип их равной значимости затрудняло классификацию.

При изучении, идентификации и классификации микроорганизмов чаще всего изучают следующие (гено- и фенотипические) характеристики:

1.Морфологические- форма, величина, особенности взаиморасположения, структура.

2.Тинкториальные- отношение к различным красителям (характер окрашивания), прежде всего к окраске по Граму. По этому признаку все микроорганизмы делят на грамположительные и грамотрицательные.

Морфологические свойства и отношение к окраску по Граму позволяют как правило отнести изучаемый микроорганизм к крупным таксонам- семейству, роду.

3.Культуральные- характер роста микроорганизма на питательных средах.

4.Биохимические- способность ферментировать различные субстраты (углеводы, белки и аминокислоты и др.), образовывать в процессе жизнедеятельности различные биохимические продукты за счет активности различных ферментных систем и особенностей обмена веществ.

5.Антигенные- зависят преимущественно от химического состава и строения клеточной стенки, наличия жгутиков, капсулы, распознаются по способности макроорганизма (хозяина) вырабатывать антитела и другие формы иммунного ответа, выявляются в иммунологических реакциях.

6.Физиологические- способы углеводного (аутотрофы, гетеротрофы), азотного (аминоавтотрофы, аминогетеротрофы) и других видов питания, тип дыхания (аэробы, микроаэрофилы, факультативные анаэробы, строгие анаэробы).

7.Подвижность и типы движения.

8.Способность к спорообразованию, характер спор.

9.Чувствительность к бактериофагам, фаготипирование.

10.Химический состав клеточных стенок- основные сахара и аминокислоты, липидный и жинокислотный состав.

11.Белковый спектр (полипептидный профиль).

12.Чувствительность к антибиотикам и другим лекарственным препаратам.

13.Генотипические (использование методов геносистематики).

В последние десятилетия для классификации микроорганизмов, помимо их фенотипических характеристик (см. пп.1- 12), все более широко и эффективно используются различные генетические методы (изучение генотипа- генотипических свойств). Используются все более совершенные методы- рестрикционный анализ, ДНК- ДНК гибридизация, ПЦР, сиквенс и др. В основе большинства методов лежит принцип определения степени гомологии генетического материала (ДНК, РНК). При этом чаще исходят из условного допущения, что степень гомологии более 60% ( для некоторых групп микроорганизмов- 80%) свидетельствует о принадлежности микроорганизмов к одному виду (различные генотипы — один геновид), 40- 60%- к одному роду.

Идентификация.

Основные фено- и генотипические характеристики, используемые для классификации микроорганизмов, используются и для идентификации, т.е. установления их таксономического положения и прежде всего видовой принадлежности- наиболее важного аспекта микробиологической диагностики инфекционных заболеваний. Идентификация осуществляется на основе изучения фено- и генотипических характеристик изучаемого инфекционного агента и сравнения их с характеристиками известных видов. При этой работе часто применяют эталонные штаммы микроорганизмов, стандартные антигены и иммунные сыворотки к известным прототипным микроорганизмам. У патогенных микроорганизмов чаще изучают морфологические, тинкториальные, культуральные, биохимические и антигенные свойства.

Номенклатура-название микроорганизмов в соответствии с международными правилами. Для обозначения видов бактерий используют бинарную латинскую номенклатуру род/вид, состоящую из названия рода (пишется с заглавной буквы) и вида (со строчной буквы). Примеры- Shigella flexneri, Rickettsia sibirica.

В микробиологии часто используется и ряд других терминов для характеристики микроорганизмов.

Штамм- любой конкретный образец (изолят) данного вида. Штаммы одного вида, различающиеся по антигенным характеристикам, называют серотипами (серовариантами-сокращенно сероварами), по чувствительности к специфическим фагам- фаготипами, биохимическим свойствам- хемоварами, по биологическим свойствам- биоварами и т.д.

Колония- видимая изолированная структура при размножении бактерий на плотных питательных средах, может развиваться из одной или нескольких родительских клеток. Если колония развилась из одной родительской клетки, то потомство называется клон.

Культура- вся совокупность микроорганизмов одного вида, выросших на плотной или жидкой питательной среде.

Основной принцип бактериологической работы- выделение и изучение свойств только чистых (однородных, без примеси посторонней микрофлоры) культур.

Морфология бактерий.

Прокариоты отличаются от эукариот по ряду основных признаков.

1.Отсутствие истинного дифференцированного ядра (ядерной мембраны).

2.Отсутствие развитой эндоплазматической сети, аппарата Гольджи.

3.Отсутствие митохондрий, хлоропластов, лизосом.

4.Неспособность к эндоцитозу (захвату частиц пищи).

5.Клеточное деление не связано с циклическими изменениями строения клетки.

6. Значительно меньшие размеры (как правило). Большая часть бактерий имеет размеры 0,5- 0,8 микрометров (мкм) х 2- 3 мкм.

По форме выделяют следующие основные группы микроорганизмов.

1.Шаровидные или кокки ( с греч.- зерно).

Кокковидные бактерии (кокки) по характеру взаиморасположения после деления подразделяются на ряд вариантов.

2.Диплококки. Деление этих микроорганизмов происходит в одной плоскости, образуются пары клеток. Среди диплококков много патогенных микроорганизмов- гонококк, менингококк, пневмококк.

3.Стрептококки. Деление осуществляется в одной плоскости, размножающиеся клетки сохраняют связь (не расходятся), образуя цепочки. Много патогенных микроорганизмов- возбудители ангин, скарлатины, гнойных воспалительных процессов.

4.Тетракокки. Деление в двух взаимоперпендикулярных плоскостях с образованием тетрад (т.е. по четыре клетки). Медицинского значения не имеют.

5.Сарцины. Деление в трех взаимоперпендикулярных плоскостях, образуя тюки (пакеты) из 8, 16 и большего количества клеток. Часто обнаруживают в воздухе.

6.Стафилококки (от лат.- гроздь винограда). Делятся беспорядочно в различных плоскостях, образуя скопления, напоминающие грозди винограда. Вызывают многочисленные болезни, прежде всего гнойно- воспалительные.

Палочковидные формы микроорганизмов.

1.Бактерии- палочки, не образующие спор.

2.Бациллы- аэробные спорообразующие микробы. Диаметр споры обычно не превышает размера (“ширины”) клетки (эндоспоры).

3.Клостридии- анаэробные спорообразующие микробы. Диаметр споры больше поперечника (диаметра) вегетативной клетки, в связи с чем клетка напоминает веретено или теннисную ракетку.

Необходимо иметь в виду, что термин “бактерия” часто используют для обозначения всех микробов- прокариот. В более узком (морфологическом) значении бактерии- палочковидные формы прокариот, не имеющих спор.

Извитые формы микроорганизмов.

1.Вибрионы и кампилобактерии- имеют один изгиб, могут быть в форме запятой, короткого завитка.

2.Спириллы- имеют 2- 3 завитка.

3.Спирохеты- имеют различное число завитков, аксостиль- совокупность фибрилл, специфический для различных представителей характер движения и особенности строения (особенно концевых участков). Из большого числа спирохет наибольшее медицинское значение имеют представители трех родов- Borrelia, Treponema, Leptospira.

Характеристика морфологии риккетсий, хламидий, микоплазм, более подробная характеристика вибрионов и спирохет будет дана в соответствующих разделах частной микробиологии.

Данный раздел завершаем краткой характеристикой (ключем) для характеристики основных родов микроорганизмов, имеющих медицинское значение, на основе критериев, применяемых в определителе бактерий по Берджи (Berge).

Таблица. Ключ к основным группам бактерий

Основные группы бактерий | Роды бактерий

1.Изгибающиеся бактерии с тонкими стенками, подвиж-

ность обеспечивается за счет скольжения- скользя-

Щие бактерии

2.Изгибающиеся бактерии с тонкими стенками, подвиж- Treponema

ность связана с наличием осевой нити- спирохетыBorrelia, Leptospira

3.Ригидные бактерии с толстыми стенками, неподвиж-

ные или подвижные благодаря жгутикам- эубактерии

А. Мицелиальные формы Mycobacterium, Actino-

myces, Nocardia, Strep-

1/облигатные внутриклеточные паразиты Rickettsia, Coxiella,

кокки Streptococcus, Staphy-

неспорообразующие палочки Corynebacterium, Lis-

в т.ч. обязательные аэробы Bacillus

в т.ч. обязательные анаэробы Clostridium

в т.ч. спиральной формы Spirillum

в т.ч. прямые, очень мелкие палочки Pasteurella, Brucella,

в т.ч. факультативные анаэробы Escherichia, Salmone-

lla, Shigella, Klebsiel-

la, Proteus, Vibrio

в т.ч. облигатные аэробы Pseudomonas

в т.ч. облигатные анаэробы Bacteroides, Fuso-

4.Без клеточных стенок Mycoplasma, Urea-

Это важно знать:

Основные показатели разработки ТЕХНОЛОГИЯ РАЗРАБОТКИ НЕФТЯНОГО МЕСТОРОЖДЕНИЯ И ТЕХНОЛОГИЧЕСКИЕ ПОКАЗАТЕЛИ РАЗРАБОТКИ Выбор системы разработки по основным.
Манипуляция № 98 «Закапывание капель в нос, ухо, глаза» Цель: местное воздействие лекарственных средств. Показание: определяет врач Оснащение: стерильные: пипетки.
Абсолютные показатели финансовой устойчивости Финансовая устойчивость организации характеризуется абсолютными и относительными показателями.
Реформы 60 — 70-х годов XIX века: направленность и итоги Реформы 60-70-х годов 19 века, несмотря на их ограниченность, имели огромное значение в судьбе России и означали продвижение страны.
Условия развития творческих способностей Для развития творчества детям необходимы определенные знания, навыки и умения, способы деятельности, которыми они сами, без помощи.

Искусственная ( ключевая ) систематика микроорганизмов. Определитель бактерий Берджи.

Микробиология

— наука, изучающая организмы, неразличимые (невидимые) невооруженным глазом, которые за свои микроскопические размеры называют микроорганизмами (микробы).

Предметом изучения микробиологии

является их морфология, физиология, генетика, систематика, экология и взаимоотношения с другими формами жизни. В таксономическом отношении микроорганизмы очень разнообразны.

Систематика микроорганизмов

Классификация микроорганизмов является одним из самых трудных разделов микробиологии, прежде всего, из-за относительно малого числа морфологических, цитологических, биохимических, серологических и других признаков, на основе которых их можно подразделить на обособленные группы.

В 1923 г. американское общество бактериологов (SAB) издало первый международный «Определитель бактерий» под редакцией Д. Берджи (David Henricks Bergey). В дальнейшем был создан общепризнанный во всем мире большой международный коллектив из лучших специалистов по той или иной группе микроорганизмов ( Bergey ‘ s Manual Trust ), который продолжал обобщать знания по структуре, функциям микроорганизмов и их систематике.

В последующие годы Bergey ‘ s Manual Trust публикует сведения по систематике и идентификации бактерий раздельно: в виде определителя бактерий — « Bergey ‘ s Manual of Determinative Bacteriology » (последнее 9-е издание в 1994г.) и классификации бактерий « Bergey ‘ s Manual of Systematic Bacteriology » (последнее 2-е издание в2001-2005гг.).

Определитель бактерий Берджи

Определитель бактерий Берджи является справочным материалом для работников практических лабораторий, используемым для идентификации бактерий по характерным для них фенотипическим признакам (окраска по Граму, форма и размер клетки, химический состав клеточной стенки, подвижность, наличие капсулы, спор, тип дыхания, биохимическая активность и др.), что позволяет сравнительно быстро определить вид выделенной бактериологом из исследуемого материала культуры бактерий. Создание «Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology отражает первое направление в систематизации микроорганизмов — их каталогизацию на основе ограниченного числа признаков. Определитель делит царство прокариот на четыре отдела и 35 групп:

1. Gracilicutes — тонкостенные, грамотрицательные (1-16 группы);
2. Firmicutes — толстостенные, грамположительные (бактерии — 17-21 группы и актиномицеты — группы 22-29);
3. Tenericutes — лишены клеточной стенки(30-ая группа);
4. Mendosicutes — архебактерии — стенки лишены пептидогликана, имеются особенности строения рибосом, мембраны и РНК — 31-35 группы.

Создание «Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology» соответствует второму направлению в систематизации микроорганизмов — построению системы их филогенетического родства.

На основе комплекса фенотипических, генотипических и филогенетических признаков микроорганизмы подразделены на доклеточные формы (вирусы — Regnum Vira) и клеточные формы, которые включают три домена: первый (1) домен «Archaea» — предковые прокариоты или предковые бактерии (патогенных для человека видов нет); второй (2) домен «Bacteria» — истинные прокариоты или истинные бактерии; третий (3) домен «Eucarya» — эукариотические клетки (Regnum Fungi и Regnum Protista). Среди микроорганизмов, входящих в состав 2 и 3 доменов есть патогенные для человека виды. Домены делятся на филии (или типы), которые в свою очередь делятся на классы и т.д. Так в домен «Bacteria» входит 23 филии, среди которых 6 (BXII, BXII, BIV, BVI, BVII, BXX) имеют медицинское значение.

Классификация Bergey касается только доменов 1 и 2. Остальные микроорганизмы (вирусы, грибки, простейшие) сведены в самостоятельные классификации.

В классификации Bergey используются следующие группы или уровни (таксоны):

царство — лат. Regnum;

домен -Domen;

филум — Phylum (тип — лат.). В классификации прокариотов для обозначения этого таксона используется термин «филум», а для эукариотов — «тип»;

класс -Class;

порядок — Ordo;

семейство — Familia;

род — Genus;

вид — Species.

Таким образом, основной таксономической единицей является вид. Вид — это эволюционно сложившаяся совокупность особей, имеющих единый тип организации, который в стандартных условиях проявляется сходными фенотипическими признаками: морфологическими, физиологическими, биохимическими и др. Согласно бинарной номенклатуре название вида микроорганизма состоит из родового и видового названия. При этом название рода пишется с заглавной буквы, а вида — со строчной: Staphylococcus aureus (S.aureus), Escherichia coli (E.coli).

Внутри вида микроорганизмы могут отличаться по разным признакам, выделяют различные внутривидовые разновидности:

штамм — популяция бактерий, выделенных из какого-либо исследуемого материала;

клон — популяция бактерий, полученная из одной бактериальной клетки;

подвид, вариант (-вар) — популяция бактерий, отличающихся от основного вида по какому-либо признаку или признакам:

Систематизация бактерий в Определителе Берджи

Прогресс в области клинической микробиологии и инфектологии в последние десятилетия расширил наши представления об известных возбудителях инфекционных болезней и позволил выявить ряд ранее неизвестных инфекций человека.

В связи с существенным расширением спектра возбудителей и нередко пересмотром роли некоторых из них в возникновении, развитии и распространении инфекций для практики все более актуальным становится вопрос о применении адекватных методов и средств выделения и точной идентификации возбудителя конкретного заболевания, а также адекватных средств этиотропной терапии и профилактики.

Успех классических методов обнаружения возбудителя инфекции зависит от правильного выбора вида и количества исследуемого материала, времени и техники его отбора, условий транспортирования, обработки, подбора методов и средств выделения и идентификации возбудителя. В каждом конкретном случае они определяются свойствами возбудителя, характером и стадией инфекции.

Следует подчеркнуть, что конечный результат исследования зависит не только (а иногда и не столько) от компетентности и адекватных действий микробиолога, но и от грамотности действий тех специалистов, которые имеют отношение к исследуемому материалу на долабораторном этапе.

Не менее важное значение имеет правильная интерпретация врачами результатов микробиологического анализа, что также требует достаточных знаний о свойствах возбудителей инфекций человека. Многообразие возбудителей бактериальных инфекций не должно быть препятствием на пути рационального контроля за болезнями этой группы

Несмотря на широкую распространенность вирусных инфекций, бактерии остаются наиболее часто распознаваемыми этиологическими агентами инфекционных заболеваний. В связи с этим представляются важными вопросы таксономии бактерий — их описания, названия и идентификации.

Микроорганизмы — это невидимые простым глазом представители трех царств: Эукариоты, Прокариоты, Вирусы.

Прокарнотическая клетка имеет средние размеры 1-10 мкм, генетический материал представлен кольцевой молекулой ДНК, расположенной свободно в цитоплазме, нет ядерной мембраны, отграничивающей генетический материал от цитоплазмы, гистоны отсутствуют. Синтез белка происходит на рибосомах 70 S, свободно расположенных в цитоплазме. Тип деления — бинарный. Клеточная стенка образована пептидогликаном. Анаэробное дыхание возможно.

Эукариотическая клетка имеет средние размеры 10-100 мкм. Генетический материал отграничен от цитоплазмы ядерной мембраной, имеет форму хромосомы, гистоны имеются, синтез белка осуществляется на рибосомах 80 S. Рибосомы находятся в составе эндоплазматической сети. Тип деления — митотический. Клеточная стенка (если есть) содержит хитин или целлюлозу. Имеются стеролы. Анаэробное дыхание отсутствует.

К прокариотам относятся бактерии (в т. ч. актиномицеты, цианобактерии, спирохеты, риккетсии, хламидии, микоплазмы) и архебактерии.

К эукариотическим микроорганизмам относятся грибы, простейшие, одноклеточные водоросли.

Вирусы — не имеют клеточного строения.

Таким образом, бактерии имеют следующие обязательные структуры:

· клеточную стенку (за исключением микоплазм),

Необязательные (непостоянные структуры бактериальной клетки):

· включения в цитоплазме.

Биологическая классификация бактерий неоднократно пересматривалась. Но лишь современная классификация, представленная в Руководстве по систематике бактерий Берджи, содержит ясные указания о медицинском значении представителей конкретных таксонов.

Основой определения систематического положения являются: морфология и тинкториальные свойства клеток (форма, размеры, взаимное расположение, спорообразование, окраска по методу Грама и другими методами), культуральные, биохимические, антигенные характеристики, а также чувствительность к различным антимикробным воздействиям и степень генетического родства с представителями других таксонов (по процентному соотношению содержания гуанина и цитозина в геноме, гомологии нуклеиновых кислот и способности к обмену генетической информацией).

По уровню биологической организации бактерии стоят ниже эукариотических организмов (грибов, простейших, гельминтов).

Несмотря на введение новых методов таксономических исследований, вопрос о полной и всеобъемлющей классификации бактерий остается до конца нерешенным. Даже истинное родство, выявленное по гомологии нуклеиновых кислот, свидетельствует лишь о наличии общего предка и может быть оспоренным.

Наибольшее практическое значение имеют схемы идентификации, основанные на морфофизиологических, тинкториальных, метаболических и других легко выявляемых свойствах бактерий. Определение этих свойств в ходе диагностики позволяет не только выделять и идентифицировать чистые культуры, но и дифференцировать их с представителями сопутствующей микрофлоры, не связанными с заболеванием. Более того, даже начальные этапы исследования могут дать ценную информацию для выбора средств этиотропной терапии.

Морфология и тинкториальные свойства. По морфологическому принципу бактерии разделяют на:

· палочковидные (овоидные, коккобациллы, прямые, изогнутые, вибрионы, с закругленными, заостренными, «обрубленными» концами, ветвящиеся, нити)

· извитые формы (спиралевидные с одним или более завитками).

В зависимости от расположения в микропрепарате различают:

· попарно расположенные клетки (диплококки),

· в виде тетрад (тетракокки),

· цепочек (стрептококки, стрептобациллы),

· беспорядочных скоплений (стафилококки).

Окрашивание препаратов проводится с помощью красителей, которые можно разделить на позитивные (метиленовый синий, фуксин) и негативные (нигрозин). Позитивными называются красители, окрашивающие микроорганизмы и другие находящиеся на стекле фиксированные объекты, негативными — красители, заполняющие пространство, окружающее микроорганизмы, в результате чего последние становятся видимыми в виде силуэтов на фоне красителя; кислые (эозин, конго красный) и щелочные (гематоксилин, толуидиновый синий, азур). Кислые красители связываются с веществами, имеющими щелочную реакцию (например, цитоплазматическими белками). Щелочные— связываются с базофильными (кислыми) компонентами клеток (нуклеиновыми кислотами, рибосомами).

Основные цвета окрашивания могут быть следующими:

а) красный (основной фуксин, кислый фуксин, сафранин, конго-красный);

б) фиолетовый (генциановый фиолетовый, метиловый фиолетовый, кри­сталлический фиолетовый);

в) синий (метиленовый синий, толуидиновый синий, водный синий);

г) зеленый (малахитовый зеленый, бриллиантовый зеленый).

Способность клеток воспринимать различные красители отражаетих тинкториальные свойства. Это определяется структурой и составом клеточной стенки.

Простыми методами окрашивания называют окрашивание препаратов каким-либо одним красителем. Чаще всего при этом используется фуксин, генциановый фиолетовый, метиленовый синий.

При сложных методах окрашивания на один и тот же препарат воздействуют несколькими красящими веществами, одно из которых называется основным, другие — дополнительными. Кроме красителей используются различные обесцвечивающие вещества: спирты, кислоты, ацетон и др., которые играют роль дифференциаторов. С помощью сложных методов окрашивания выявляют цитологические особенности клеток микроорганизмов (клеточные структуры, запасные вещества, включения и т. д.)

Наибольшее значение для идентификации имеет использование сложных (дифференцирующих) методов, в первую очередь метода Грама, позволяющего различить:

При окраске этим методом грамположительные бактерии окрашиваются в сине-фиолетовый цвет, а грамотрицательные — в бордово-красный, что отражает различия в строении клеточных стенок бактерий двух групп.

На основании результатов микроскопии окрашенных по методу Грама препаратов из патологического материала можно ориентировочно судить о составе микрофлоры и степени микробной обсемененности материала, что позволяет выбрать более адекватные методы и средства диагностики и начальной антимикробной терапии. Так, например, при обнаружении стрептококков препаратом выбора должен быть пенициллин.

Результаты параллельного выделения и идентификации возбудителя с дальнейшим определением чувствительности уточняют сделанный выбор.

Из других методов часто используют окраску по Цилю-Нильсену, позволяющую выявить кислотоустойчивые формы бактерии (Mycobacterium spp., Nocardia spp.) и споры (покоящиеся формы). Например, микобактерии туберкулеза окрашиваются в красный цвет, а некислотоустойчивые клетки — в синий.

По наличию особых (необязательных) структурных элементов различают бактерии:

· спорообразующие (Clostridia spp., Bacillus spp.) и аспорогенные (энтеробактерии и др.);

· капсулированные (Klebsiella spp., S.pneumoniae, B.anthracis и др.);

бескапсульные (Vibrio spp., Brucella spp. и др.);

· подвижные (образующие жгутики), например многие грамотрицательные палочки и неподвижные (многие кокки).

Среди патогенных для человека преобладают микроорганизмы с окислительным или окислительным и бродильным типом метаболизма (аэробы и факультативные анаэробы соответственно).

Большинство клинически значимых видов относят к мезофилам — для них температурный оптимум роста находится в пределах 25-40 o С (в отличие от психрофилов и термофилов, имеющих соответственно более низкие или более высокие значения оптимума).

По способности расти на простых (универсальных) питательных средах (по типу мясопептонного бульона или агара Хоттингера) различают бактерии неприхотливые (Staphylococcus spp., энтеробактерии и др.) и прихотливые (Streptococcus spp., Haemophilus spp., Neisseria spp. и др.).

Прихотливые бактерии могут расти только в присутствии обогащающих среду добавок (крови, ее сыворотки, дрожжевого экстракта и др.), содержащих факторы роста — гемин, витамины, аминокислоты, нуклеотиды, липиды. Бактерии, зависящие от тех или иных факторов роста и неспособные синтезировать какие-либо соединения из глюкозы и солей аммония как единственных источников углерода и азота, называют ауксотрофами. Ауксотрофность характерна для многих патогенных бактерий.

Принципы идентификации, изложенные в Определителе бактерий Берджи, 9-е издание которого вышло в 1994 г., нашли наибольшее распространение в практической бактериологии. В соответствии с ними (на основе строения клеточной стенки и отношения к окраске по Граму) бактерии разделены на 35 групп, входящих в 4 категории:

I- грамотрицательные эубактерии;

II- грамположительные эубактерии;

III — эубактерии, лишенные клеточной стенки — микоплазмы (Mollicutes);

IV- археобактерии (Archaea).

Сложные методы окраски используются для выявления отдельных структур клетки и требуют применения двух и более красителей и воздействия некоторых дополнительных веществ и физических факторов.

Читайте также:

  

• Примеры экстрапапиллярного типа комбинированной гамартомы сетчатки и пигментного эпителия

  

• Выделительная функция печени и пищеварительного тракта. Выделительная функция желудка. Выделительная функция кишечника.

  

• Показания, методика введения лекарств, контраста в суставы запястья

  

• Реабилитация после травмы головного мозга

  

• Как уберечь ребенка от гриппа без прививки? Профилактика гриппа у детей

Классификация бактерий Берджи

   Создание «Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology» соответствует второму направлению в систематизации микроорганизмов – построению системы их филогенетического родства.

  На основе комплекса фенотипических, генотипических и филогенетических признаков микроорганизмы подразделены на доклеточные формы (вирусы – Regnum Vira) и клеточные формы, которые включают три домена: первый (1) домен «Archaea» – предковые прокариоты или предковые бактерии (патогенных для человека видов нет); второй (2) домен «Bacteria» – истинные прокариоты или истинные бактерии; третий (3) домен «Eucarya» – эукариотические клетки (Regnum Fungi и Regnum Protista). Среди микроорганизмов, входящих в состав 2 и 3 доменов есть патогенные для человека виды. Домены делятся на филии (или типы), которые в свою очередь делятся на классы и т.д. Так в домен «Bacteria» входит 23 филии, среди которых 6 (BXII, BXII, BIV, BVI, BVII, BXX) имеют медицинское значение.

    Классификация Bergey касается только доменов 1 и 2. Остальные микроорганизмы (вирусы, грибки, простейшие) сведены в самостоятельные классификации.

    В классификации Bergey используются следующие группы или уровни (таксоны):

царство – лат. Regnum;

домен –Domen;

филум – Phylum (тип – лат.). В классификации прокариотов для обозначения этого таксона используется термин «филум», а для эукариотов – «тип»;

класс –Class;

порядок – Ordo;

семейство – Familia;

род – Genus;

вид – Species.

  Таким образом, основной таксономической единицей является вид. Вид – это эволюционно сложившаяся совокупность особей, имеющих единый тип организации, который в стандартных условиях проявляется сходными фенотипическими признаками: морфологическими, физиологическими, биохимическими и др. Согласно бинарной номенклатуре название вида микроорганизма состоит из родового и видового названия. При этом название рода пишется с заглавной буквы, а вида – со строчной: Staphylococcus aureus (S.aureus), Escherichia coli (E.coli).

  Внутри вида микроорганизмы могут отличаться по разным признакам, выделяют различные внутривидовые разновидности:

штамм – популяция бактерий, выделенных из какого-либо исследуемого материала;

клон – популяция бактерий, полученная из одной бактериальной клетки;

подвид, вариант (-вар) – популяция бактерий, отличающихся от основного вида по какому-либо признаку или признакам:

морфовары – по морфологическим свойствам;

хемовары – по биохимическим свойствам;

серовары – по антигенной структуре;

фаговары – по чувствительности к бактериофагам;

колициновары – по продукции бактериоцинов;

резистенсвары – по устойчивости к антибиотикам;

геновары – по строению части генома;

биовары – по нескольким биологическим свойствам.